Aurait-on pu imaginer qu'une simple agression nocturne au détour d'une ruelle aurait changé le destin d'autant de gens ? Et pourtant ...
La nuit est le meilleur moment pour masquer les événements les plus étranges. Une agression anodine, par exemple.
Une nuit, un homme a été attaqué. Seulement, pas d'arme à feu ni d'arme blanche. L'homme a été ... électrocuté. Et il est persuadé que l'électricité bleutée qui l'avait percuté de plein fouet provenait des paumes de son agresseur.

Tôkyô, mars 2012. Depuis maintenant deux ans, un nouvel édifice a vu le jour dans le quartier industriel de la capitale nippone. Une fabrique de papier pour fournir les petites et grandes enseignes. Enfin, c'est ainsi que les tokyoïtes connaissaient l'entreprise Akeno Paper Inc.
Seulement ce n'était qu'une façade, et cette nouvelle entreprise abritait en fait une série de laboratoires sophistiqués, le tout dirigé par un riche homme d'affaires connu dans le milieu des finances : Akeno Takamasa.
Cet homme n'était autre que celui qui s'était fait agresser dans une ruelle sombre il y a trois ans de cela. Il s'est accroché à une petite phrase que lui avait dit son agresseur : « Je ne suis pas seul ». Ceci l'a poussé à engager des scientifiques de renom (ou pas) croyant à son histoire à dormir debout. Des gens avec des pouvoirs "magiques", et puis quoi encore ... Il mit donc une bonne année à rassembler du monde intéressé par le projet et à monter la soi-disant fabrique de papier.
Avec ceux qui se sont ralliés à sa cause, Akeno a fondé une véritable petite équipe. Entre eux ils se font appeler l'Organisation. Ainsi, alors que de l'extérieur les habitants de la capitales croient à un fournisseur de papier, d'immenses laboratoires sont cachés dans ces locaux sombres.

Ce qu'Akeno ne sait pas c'est qu'il y a une taupe parmi eux. L'un des scientifiques fait partie de ces humains aux pouvoirs surnaturels. Sa capacité est le métamorphisme. Au sein de l'équipe il se fait passer pour un homme d'une quarantaine d'années, chimiste, alors qu'en réalité il est un jeune homme de tout juste vingt ans, étudiant en sciences.
Ce jeune homme, Kawahara Yuji, a mis au courant tous ses semblables qu'il connaissait. Ils sont cinq, et ont fondé ce qu'ils appellent la Résistance.
Le projet d'Akeno est de capturer tous les humains anormaux, et de les étudier comme des rats de laboratoire afin de comprendre comment ces dons fonctionnent et peut-être de créer une produit permettant d'en créer ...
La Résistance a pour but de protéger les siens. Les cinq membre, en plus de chercher à sauver leur peau, vont tenter de chercher à travers tout Tôkyô leurs semblables afin de les avertir du danger.

Scientifiques contre héros ... Rationnel contre surnaturel. Qui aura le dessus ?

contexte largement inspiré de la célèbre série Heroes